Los programas y proyectos se los desarrolla en la zona de influencia del FONAG y cuentan con la participación de diversos actores y actoras.

En general, los recursos del FONDO  se destinan el 80% a la ejecución de sus programas de: Educación Ambiental, Forestación, Comunicación, Vigilancia y Monitoreo de Áreas Protegidas e Hidrológico; y, el 20% a la ejecución de sus proyectos

Las diversas acciones que ejecuta la entidad podrían dividirles en:

Investigación: Sobre la dinámica ecológica de las cuencas, sus áreas de influencia y especies como el estudio de “Caudales Ecológicos”

Valoración de los servicios ambientales: Información física y económica para valorar el agua en cantidad y calidad como “Medición de Caudales”
Sistemas productivos sostenibles como los que se realizan en Oyacachi, Papallacta, Ubillus, que buscan mejorar las condiciones económicas de las poblaciones para demandar actitudes amigables con la naturaleza y con los recursos hídricos.

Educación y entrenamiento: Para reducir la presión sobre los ecosistemas naturales a través de procesos educativos como Jornadas de Reflexión, Fortalecimiento institucional, Capacitación a  técnicos, Transferencia de tecnología, entre otros.

Para la ejecución de estos programas, la Secretaría Técnica busca incorporar a los principales usuarios del agua para que participen en la planificación, ejecución y financiamiento de los proyectos de mutuo interés.  El FONAG también trabaja en su fortalecimiento institucional, a fin de lograr que esta iniciativa se replique a escala nacional. Al momento se hacen esfuerzos en Loja, Cuenca,  Ambato y Santo Domingo de los Colorados.