Las acciones del FONAG se ejecutan en las microcuencas de los ríos Oyacachi, Papallacta, Antisana, San Pedro y Pita que se localizan en las Reservas Ecológicas Cayambe Coca, Antisana, Parque Nacional Cotopaxi y Los Ilinizas, respectivamente.

La intervención se la hace a través de programas y proyectos; el FONAG destina el 80% de su presupuesto para los programas que los ejecuta directamente y el 20% para los proyectos.
Al momento se ejecutan alrededor de veinte.