El programa busca preservar la calidad de los recursos naturales; para ello, se ejecutan proyectos comunitarios de forestación con especies nativas en las cuencas hídricas de competencia del FONDO, hasta el momento se han plantado algo más de 1300 ha. y se tiene previsto hacerlo alrededor de 500 hectáreas anuales. Ver mapa de zonas forestales.

El Programa de Educación está empeñado en alcanzar de los diversos actores y actoras un cambio de actitudes con relación al ambiente, especialmente con los recursos hídricos. El desafío es lograr una nueva cultura del agua y para ello, diariamente, el FONAG  trabaja con niños y niñas que viven en las cuencas hídricas, desde donde viene el agua a Distrito Metropolitano de Quito y a sus áreas de influencia.

El programa interviene con dos líneas de acción: sensibilización y educación. Los participantes y las participantes son niños y niñas que 5to y 6to año de educación básica de las escuelas rurales y urbanas de los diversos sectores en donde trabaja la institución. Alrededor de 6.000 niños y niñas participan anualmente en el programa en el que están involucrados los docentes y los padres y madres de familia.

El programa busca el desarrollar estrategias y acciones para la protección de los recursos hídricos dentro de las áreas protegidas que  mantiene el Ministerio del Ambiente del Ecuador. Cerca del 75% del agua que viene al Distrito Metropolitano de Quito proviene de las Areas Protegidas que froman parte del Sistema Nacional de Áreas Protegidas-SNAP. El programa cuenta con 10 guarda parques comunitarios  que se localizan en las reservas ecológicas de Cayambe Coca, Parque Nacional Cotopaxi, Reserva Antisana y los Illinizas y son ellos los encargados de proteger las áreas de reserva y las fuentes de agua, de ejecutar la medición de caudales diseñada por el FONAG, desarrollar proyectos con sus comunidades y ser los gestores dentro de sus jurisdicciones. Este programa cuenta con el aval del MAE y el respaldo de las comunidades -

En cumplimiento de la Ordenanza Municipal #199 para la Gestión Integrada de los Recursos Hídricos dentro del Distrito Metropolitano de Quito y la Hoya del Guayllabamba, el FONAG está desarrollando un estudio integral que permita poner en vigencia el plan de gestión integral de los recursos hídricos para la Hoyaen mención a de gestionar de mejor manera la cantidad, calidad y acceso del recurso para todos los usos.

El progama Gestión del Agua tiene dos partes: la técnica que busca herramientas para lograr la gestión del agua y la social que trabaja para lograr una adecuada gobernanza en el manejo de los recursos hídricos. La primera parta la realiza la UICN con dinero del BID y la segunda la ejeucta la Fundación Futuro Latinoamerica con el apore de la Fundación Tinker.

Sus acciones ayudan a consolidar los procesos que desarrolla la entidad para lograr una nueva cultura del agua, a través de diálogos con los diferentes actores.
La comunicación cruza todo el accionar del FONAG y, además, de la promoción y difusión de sus actividades busca posesionar al FONDO como la entidad que lidere los procesos de protección en favor del agua.

El programa de Capacitación sobre el Manejo Integrado de las Cuencas Hídricas busca entrenar a técnicos y técnicas en el manejo responsable de las cuencas hídricas y entregar herramientas para lograr la gestión integrada del recurso. Este programa tiene una cobertura nacional y está financiado por el FONAG y el gobierno alemán a través de InWent. Ver mapa de capacitación.